نظام آموزشی جامعةالزهرا سلام‌الله‌علیها به دلیل فعالیت علمی بانوان در این مرکز آموزشی، دارای انعطاف گسترده‌ای است تا آنها بتوانند بر اساس ظرفیت، توانایی و فرصت خود به کسب علوم دینی بپردازند. از این رو ضوابط و آیین‌نامه‌های آموزشی مختلفی برای سطوح و مقاطع مختلف تصویب شده است تا فرصت تحصیل برای همه فراهم گردد.